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| 初期の全国大会について |
2011年の「エピソードシリーズ」のあたりに入ると、参加は募集形式ではなくデュエルロード開催店での店舗予選を勝ち上がり、「エリア代表決定戦」の権利を獲得して参加できるようになる、という形式に変更（具体的にどの時期から変更されたかは不詳）。各ブロックは、2014年になると北海道・東北A（北東北）・東北B（南東北）・関東（3名）・中部（2名）・北陸・関西（2名）・中国・四国・九州A（北九州）・九州B（南九州）・沖縄と細分化された。日本一決定戦が次世代ワールドホビーフェア関東大会で行われるのは従来通り。レギュレーションは以下のように行われる。
| 店舗予選 | 殿堂レギュレーション |
| エリア代表決定戦 | ブロック構築 |
| 日本一決定戦 | 殿堂レギュレーション |
2015年にはさらにイベント体系が一新される。店舗予選もブロック構築に改められた他、エリア代表決定戦のブロックが、北海道・東北・関東・中部・北陸・関西・中国・九州に統合された。統合された分トーナメント通過人数が調整されているが、実質旧沖縄エリアの分の1名が削減されている。
日本一決定戦では、実際に使用できるメタルカードが賞品として贈呈された。使用可能なメタルカードが全国大会の賞品になるのは史上初である。
| 店舗予選 | ブロック構築 |
| エリア代表決定戦 | ブロック構築 |
| 日本一決定戦 | 殿堂レギュレーション |
2018年にもイベント体系が一新される。店舗予選とエリア代表決定戦が2ブロック構築に改められた他、日本一決定戦は予選1回戦から3回戦を2ブロック構築で、4回戦から6回戦、決勝トーナメントを殿堂レギュレーションで行うルールとなった。また、2017年からはDMPランキング上位の招待枠からも出場者が決定するシステムとなった。
| 店舗予選 | 2ブロック構築 |
| エリア代表決定戦 | 2ブロック構築 |
| 日本一決定戦 | 2ブロック構築と殿堂レギュレーションの混成 |
2019年度の日本一決定戦はかねてから世界中で猛威を振るう「COVID-19(新型コロナウイルス)」の影響で、日本一決定戦史上初の開催延期となり、2022年に開催された。
全国大会2019までの一覧は↓
| 日本一決定戦開催年月 | 名称 |
| 2003年11月 | インビンシブル（無敵）・リーグ |
| 2004年11月 | エターナル（聖拳）・リーグ |
| 2005年8月 | ジュネレート（転生）・リーグ |
| 2006年6月 | スプリング・ギャラクシー・リーグ |
| 2006年10月 | サマー・ギャラクシー・リーグ |
| 2007年1月 | グランド・チャンピオンシップ |
| 2007年8月 | サムライ・リーグ |
| 2009年1月 | ギャラクシー・マスター |
| 2010年3月 | エボリューション・マスター |
| 2011年6月 | サイキック・マスター |
| 2011年12月 | ビクトリーワン（V1） |
| 2013年1月 | G-1（ガチンコワン）グランプリ |
| 2014年1月 | 勝-1（カツワン）グランプリ |
| 2015年1月 | デュエマ甲子園 |
| 2016年2月 | デュエルマ☆スターカップ |
| 2017年2月 | 革命ファイナルカップ |
| 2018年3月 | デュエル・マスターズ全国大会2017 |
| 2019年3月 | デュエル・マスターズ全国大会2018 |
| 2022年6月 | デュエル・マスターズ全国大会2019 |
| 2024年3月 | デュエル・マスターズ全国大会2023 |
| 2025年3月 | デュエル・マスターズ全国大会2024 |
以下の大会が公式大会に含まれる。
上記の他に公式が参加賞・上位賞・優勝賞の提供を行っている公認大会が存在する。